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排泄系統
蚯蚓的排泄系統主要由許多腎管組成。也是寡毛類氮排泄的主要器官，除前三個體節及最后一體節外，每一體節中都成對、從體腔到每個腎管的內部開口剛好是在隔膜的前面，為一個漏斗形腎小口。腎漏斗開口扁平，為兩片唇，即上后唇和下前唇構成。它們通過體表、消化道和腸上排管的開口，將代謝產物直接或間接地以尿液的形式排出體外。同時蚯蚓的黃色細胞、背孔、體壁粘液細胞等也參與了含氮物質的排泄。
不同種類的蚯蚓，其腎管的種類，形狀、數量、排泄尿液的途徑往往不同。例如參環毛蚓的腎管分隔膜腎管、體壁腎管和咽腎管，再如巨莖環毛蚓具有咽叢生腎管。
神經系統
蚯蚓的神經系統是由中樞神經系統和外并且與身體的各種感覺器官、反應器官組成反射弧。中樞神經系統包括腦、圍咽神經、咽下神經節和腹神經索等部分。外周神經系統是由中樞神經系統向外周發出的所有神經，包括全部感覺神經和運動神經。
反射弧是由感覺器官中的感覺神經細胞、感覺神經纖維，腹神經索中的中間神經元，運動神經細胞及其纖維和反應器官構成。這是蚯蚓適應自然界生活的結果。
此外，蚯蚓的神經系統中也有一些分泌細胞，可以分泌激素（即“荷爾蒙”）。蚯蚓的激素是一類比較復雜而具有活性的有機物質，具有生理的調控機能作用殖、再生均有十分重要的影響。