（一）有效性

首先要看某種藥物對某種疾病的治療效果。一般以給藥后死亡率的降低情況作為確定療效的主要依據，另外，還必須從攝食率、增重率、飼料效率等方面與對照組進行比較，并以病理組織學證明治愈效果為依據。

（二）安全性

在選擇藥物時，既要注意其療效，又要注意其不良反應。雖然有的藥物非常有效，但因其對養殖動物毒副作用較大或對人具有潛在的危害而不得不被禁止使用。

（三）方便性

醫藥和獸藥大都是直接個體用藥，而漁藥除少數情況下使用注射法和涂擦法外，大部分情況下是間接地群體用藥，投喂藥餌或將藥物投放到養殖水體中進行藥浴。因此，操作方便和容易掌握用法用量是選擇漁藥的要求之一。

（四）經濟性

從兩方面考慮：

1、臨床用藥經濟分析要分析用藥后，養殖動物能否治愈；治愈后，養殖動物生長的快慢、產品品質、銷售價格等，確定用藥的經濟性。能夠不用藥最好不用藥。

2、選擇廉價易得的藥物水產養殖具有廣泛、分散、大面積的特點，總體藥量較大，尤其是藥浴法用藥，應在保證療效和安全性的原則下選擇廉價易得的藥物。