在有機四季豆生產過程中禁止使用所有化學合成的農藥，禁止使用由基因工程技術生產的產品，所以病蟲害防治要堅持“預防為主，防治結合”的原則。具體如下：

在病害防治上：可以用石灰、波爾多液防治菜豆多種病害；允許有限制地使用含銅的材料，如氫氧化銅、硫酸銅防治菜豆真菌性病害；可以用抑制菜豆真菌病害的軟皂、植物制劑、醋等防治菜豆真菌性病害；允許使用高錳酸鉀作為殺菌劑，防治多種菜豆病害；允許使用微生物及其發酵產品如EM菌防治病害。

在蟲害防治上，提倡通過釋放寄生性、捕食性天敵（如赤眼蜂、瓢蟲等）來防治蟲害；允許使用植物性殺蟲劑或當地生長的植物提取劑（譬如大蒜、薄荷、魚腥草的提取液）等防治蟲害；可以在誘捕器和散發器皿中使用性誘劑（如糖醋誘蟲），允許使用視覺性（如黃粘板）和物理性捕蟲設施（如防蟲網）防治蟲害；可以有限制地使用魚藤酮、植物源除蟲菊酯、乳化植物油和硅藻土來殺蟲；允許有限制地使用微生物及其制劑，如殺螟桿菌、Bt制劑等。

1.常見病害

1.1炭疽病

主要癥狀：在幼苗至采收后期，植株地上部分均可受害,但主要為害豆莢。為害豆莢時，初生褐色小斑點，不久擴展成圓形或近圓形病斑，邊緣深紅色。嚴重時，病斑連結成不規則，形成大斑，造成腐爛。

防治方法：農業防治：從無病田、無病莢上采種，購買無病種子。對種子粒篩選，嚴格剔除帶病種子。播種前用45℃溫水浸種10分鐘。藥物防治：可用1∶1∶（160—200）倍的波爾多液噴灑中心病株或用0.1%的高錳酸鉀加0.3%竹醋液防治。 一般隔5天—7天噴1次藥，連噴2次—3次。噴藥要周到，特別注意葉背面。噴藥后遇雨應及時補噴。

1.2銹病

主要癥狀：病害主要發生在葉片上，嚴重發生時，也為害莖、葉柄和豆莢。初發病時，一般多在葉背出現淡黃色小斑點，稍突出，后為銹褐色，擴大發展成紅褐色的夏孢子堆，表皮破裂后，散發出紅褐的粉末，此時葉正面，可見到褪綠色斑點。發病后期孢子堆轉成黑色，為冬孢子堆。有時葉脈上也能產生夏孢子堆，葉片變形，早落。有時葉面或葉背可見略凸起的白色皰斑，即病菌的銹子腔。種莢染病后，也產生許多夏孢子堆和冬孢子堆。

防治方法：農業防治上采用清除田間病殘株，減少病源。合理密植，降低田間濕度。藥物防治上同炭疽病。

2.常見蟲害

2.1蚜蟲

防治方法：可采用保護天敵，如瓢蟲、赤眼蜂等殺蚜蟲；掛黃板誘殺或用銀灰膜驅避；噴灑0.3%百草一號植物殺蟲劑1000倍液—1500倍液或0.3%苦參堿植物殺蟲劑1500倍液—2000倍液防治；用煙草水殺蟲（0.5kg煙草＋石灰0.5kg＋水20kg—25kg密閉，浸泡24小時）葉面噴霧防治。

2.2豆類螟

防治方法：利用天敵如金小蜂、赤眼蜂等殺滅；用性誘劑誘殺；用大蒜汁液葉面噴霧；用0.3%苦參堿植物殺蟲劑1500倍液—2000倍液防治；植物源除蟲菊酯藥液防治。