基因疊加是指在轉基因作物中，分別轉入外緣基因之后，通過育種手段將兩個或更多個存在于不同轉基因植株的外緣基因聚合到一起。因此，對基因疊加的效應評估也成為了轉基因作物安全評估中的重要問題。

王志興課題組的研究以我國自主研發的轉基因玉米12-5和IE034為研究材料，12-5是浙江大學研發的含有cry1Ab/2Aj和G10-epsps基因的抗蟲抗除草劑玉米，IE034是中國農業科學院作物科學研究所研發的包含cry1Ie基因的抗蟲玉米。

該課題組將上述兩個轉基因玉米材料進行雜交后，分別對比了轉基因雜交玉米12-5×IE034和兩個親本轉基因玉米以及6個常規玉米品種中的轉錄譜和代謝譜的差異。

結果顯示，與沒有疊加的轉基因植株以及非轉基因植株相比，轉基因玉米育種復合（疊加）所帶來的基因表達和代謝物的變化數量介于常規玉米品種間的變異范圍之內。

據該課題組研究人員介紹，這也表明，轉基因玉米雖然帶來了玉米原來不存在的基因，但非轉基因不同品種中存在著數量更多的基因差異，轉基因并沒有引起基因組和轉錄組更多的非預期變化。

研究人員進一步解釋，就是轉基因玉米與非轉基因之間轉錄組和代謝組的區別，甚至沒有不同非轉基因品種之間的區別大。